AIRで作成したインストーラに、「デスクトップにショートカットを作成」は
　あるのですが、「スタートアップに登録」がありませんでした。
　
　できれば、「スタートアップに登録」したかったので調べてみました。
　
　NativeApplication.nativeApplication.startAtLogin=true
　というコードを実行すると、windowsの場合スタートアップに登録されます。
　このコードを実行する場所は、たぶんどこでもいいみたいです。
　
　今回はアプリケーションの起動時に行うようにしました。
　このままだと、「スタートアップに登録」されるのが嫌なユーザが
　スタートアップから削除しても、起動するたびにスタートアップに登録されてしまいます。
　
　なので、一度「スタートアップに登録」したら、ファイルを作成して
　そのファイルがあったらその後は実行しないようにしました。
　
　var file:File = File.applicationDirectory.resolvePath(File.applicationDirectory.nativePath + "/init.lss");

　if (!file.exists) {
　　try{
　　　var stream:FileStream = new FileStream();
　　　stream.open(file, FileMode.WRITE);
　　　stream.writeUTF("INIT-OK");
　　　stream.close();
　　　NativeApplication.nativeApplication.startAtLogin=true
　　}
　　catch (err:Error){
　　}
　}

　try、catchを入れているのは、スタートアップに登録しているのに
　また登録しようとしたらエラーになるのと、開発環境だとエラーになるからです。
　
　「スタートアップに登録」は嫌がられる場合もありますが
　状況に応じて使おうと思います。